Základem pro výpočet obchodní přirážky je cena výrobce. K té se připočítává obchodní marže v maximální výši 32%. O tuto marži se však dělí lékárna s distributorem a pak se k této částce připočítá DPH. Teprve výsledný součet je cenou, za kterou léčivý přípravek kupuje pacient.
Za předpokladu, že DPH činí 5%, činí při prodejní ceně léčivého přípravku 100 Kč (cena od výrobce někde okolo 76 Kč) obchodní přirážka (při 32%) 23 Kč, tedy mnohem méně než obecně uváděných 32 Kč. Z těchto 23 Kč pak část připadne distributorovi, při běžné 5% přirážce je to zhruba 3,50 Kč a lékárně z léčivého přípravku v prodejní ceně 100 Kč zůstane okolo 19.50 Kč.
Od 1.6.2006 byla zavedena tzv. degresivní obchodní přirážka na léčiva, tj. na levnější léčivé přípravky vyšší a na dražší nižší přirážka - 33-10%.
Od 1.1.2008 je nově zaveden regulační poplatek 30 Kč za položku na receptu a dochází k zásadní změně cenotvorby. Je dále prohloubena degresivní marže (36-5 %), zvýšena DPH z 5 na 9 % a dále musí být povinně proveden odpočet dle vzorce 30 x (0,25*(arctg (výrobní cena bez DPH/50-2,5)+1,6)) z konečné ceny každého balení předepsaného na recept a hrazeného z veřejného pojištění. Regulační poplatek tedy v žádném případě nezůstává celý lékárně, ale prakticky celý je vrácen pacientovi snížením ceny, v případě předepsání více než 3 balení jednoho druhu léčivého přípravku na recept se dokonce lékárně dále snižuje marže, protože výsledný odpočet na balení je již vyšší než 30 Kč. Pouze v segmentu lékárenství je realizován systém kompenzace nákladů pojištěnci a zdravotní pojišťovně (na rozdíl od lékařů).

Spotřeba léčiv je dána zejména preskripcí, tj. předepisováním léčivých přípravků lékaři. Lékárník není nijak schopen ovlivnit počet předepsaných balení léčivého přípravku, ani konkrétní léčivý přípravek. To je naopak ovlivněno lékaři, na které působí farmaceutické firmy tak, aby lékaře různým, více či méně etickým způsobem, motivovali k předepisování právě jejich léčivého přípravku (známé "studie", kongresy apod.).
Lékárník pouze může za určitých legislativně daných podmínek léčivý přípravek zaměnit, nicméně v současné době (proč asi) valná většina lékařů důrazně trvá na vydání konkrétního léčivého přípravku. Často se proto pacienti v lékárnách podivují nad tím, proč jim lékař při každé návštěvě změní jejich léčivý přípravek, ačkoli obsahuje tutéž účinnou látku a liší se pouze výrobcem.

Lékaře předepsání receptu "nic nestojí". Jeho investicí je pouze prvotní pořízení ordinace a vybavení a plat sestry. Pokud tedy lékaři zdravotní pojišťovny nezaplatí třeba měsíc za jeho práci, má problém pouze s platem pro sebe a další zaměstnance. Není však přímo ohrožena jeho praxe. Praktičtí lékaři mají navíc, díky kapitaci, zajištěn pravidelný a stabilní "paušál".
Lékárníci kromě prvotní investice do vybavení lékárny musejí léčivé přípravky stále nakupovat a platit distributorům. Pravidelné validace, kalibrace, vybavování dalšími přístroji dle stále se novelizujích právních nařízení jsou samozřejmostí. Pokud lékárníkovi zdravotní pojišťovna nezaplatí, není ohrožen "jen" jeho příjem a plat zaměstnanců, ale je ohrožena přímo jeho existence, jelikož pokud nebude mít peníze, nemůže nakupovat od distributora (podobné se stalo koncem roku 2003 na Slovensku).
V případě, že praktický lékař, např. v důsledku stávky "za lepší podmínky" zavře ordinaci a bude stávkovat, přichází mu stále kapitační platba. Pokud ve stejném případě zavře lékárník, má smůlu, jelikož nevydává recepty (nemá tedy co vyúčtovat zdravotní pojišťovně) ani neprodává volně bez receptu, tudíž nemá příjmy.

V lékárnách nepracují pouze majitelé lékáren, ale rovněž lékárníci, farmaceutičtí asistenti, sanitářky, uklízečky, administrativní pracovníci, účetní ad. Případné snížení obchodní přirážky tedy postihne dle odhadu dalších asi 13000 lidí. Pokud postihne snížení obchodní přirážky malou venkovskou lékárnu, může to být pro ni a její zaměstnance fatální.

Jde o obecně platný mýtus, který však zpravidla nebývá podrobně vysvětlen. Lékáren sice každým rokem něco málo přibývá, nicméně jejich počet stoupá pouze ve větších městech a obchodních centrech. Lékárny na vesnicích ukončují svou činnost pro neprosperitu a nemožnost dalšího prodeje, o čemž svědčí údaje ČLeK. Rozmístění lékáren tedy není efektivní, rovnoměrné a díky současným podmínkám žádoucí.

Ano, pohotovostní služby by měly být součástí lékárenské péče. Současné ekonomická nejistota a trvalá nemožnost "investičního předvídání" v lékárenském sektoru, která je dána neustále se měnícími podmínkami pro provozování lékáren nutí lékárníky omezovat, popř. rušit neefektivní provozy. Bohužel, po zrušení alespoň částečných dotací od jednotlivých měst a obcí, jako tomu bylo dříve, nemohou pro prodělečnost pohotovostní služby sloužit. Mnohdy uváděná naivní domněnka o vyváženosti odebraných dotací delším provozem je neopodstatněná a vyplývá z neznalosti problematiky. Obecně v noci lidé většinou nakupovat nechodí, vzhledem k jejich biorytmům.

Již delší dobu předkládají představitelé ČLeK státním orgánům návrhy na změny financování lékárenské péče s ohledem na všechny nutné a žádoucí poskytované služby. Jakákoliv snaha však skončí buďto výměnou odpovědného ministra či nezájmem. Připomeňme např. snahu o prosazení degresivní přirážky po vzoru jiných zemí EU (naposledy již probíhala konkrétní jednání s ministryní Emmerovou) nebo odděleného dispenzačního poplatku jako je tomu např. ve Švýcarsku.

Problémy lékáren nejsou nové a existují již řadu let. Mnohé lékárny je již dávno byly nuceny (narozdíl od lékařů aby zachránily provoz) řešit např. postupováním pohledávek distributorům, v čemž se jim ale snaží bránit zdravotní pojišťovny, protože se bojí, že tito je přinutí platit včas. Mnohé lékárny byly rovněž aktuální situací přinuceny žádat o úvěry, využívat factoring a další formy financování.

Takto argumentují především lidé, kteří nevědí, co tento pojem znamená. Reálná generická substituce zavádí moment, kdy lékárník může (např. dle možností pacienta), vydat i jiný léčivý přípravek se shodnou účinnou látkou, se shodným obsahem a v zásadě shodnou lékovou formou než napíše lékař (např. orginální - zpravidla dražší, doplatkový, anebo generický - zpravidla levnější a bezdoplatkový). Farmaceutické firmy jsou tímto způsobem donuceny stanovit u svých léčivých přípravků takové ceny, aby mohly být v rámci úspor nabídnuty. Vzhledem k tomu, že by se však tímto krokem významně ovlivnil jejich vliv na motivaci lékařů, lékaři, podporování farmaceutickými firmami, tuto myšlenku, která by měla vliv na snížení spotřeby léčiv, zásadně odmítají. Jejich argumentace, že firmy budou ovlivňovat lékárníky (což by byl pravděpodobně ten zásadní faktor) neobstojí, jelikož v zemích, kde již tento nástroj používají, legislativa striktně stanovuje podmínky, za kterých a jak je ke generické substituci přistupováno. Lékárník je např. přinucen vybrat generikum z nejlevnější skupiny.

Lékárny jsou díky konkurenčnímu tlaku a mnohdy i z charitativních důvodů (např. u sociálně slabých skupin obyvatelstva) nuceny ke snižování státem povolené marže. Dochází tak k nejednotnosti cen, což převážná většina pacientů lékáren vnímá negativně. Rozdíl je ten, že např. spotřební elektroniku si můžeme a nemusíme pořídit, ale léčivý přípravek k naší léčbě potřebujeme. Proto by v tomto případě měl existovat institut jednotných cen či doplatků. Pacient se má především soustředit na svou léčbu a ne na to, kde svůj léčivý přípravek sežene levněji.
Připomeňme, že tento názor sdílejí i mnozí lékaři, ačkoli u nich je princip jednotných cen uplatňován a vůbec si nepřipouštějí, že by to tak nemělo být. K názorovému posunu by zcela jistě velmi rychle dospěli, pokud by zdravotní pojišťovny začaly uzavírat smlouvy s jednotlivými lékaři např. i dle výše bodu. Podle toho by pak rovněž doporučovaly svým pojištěncům, ke kterému lékaři jít. Jelikož se principiálně jedná o stejnou záležitost, není objektivní důvod, proč by v ní měl být rozdíl.

Tuto argumentaci většinou používají lidé, kteří se danou problematikou vůbec nezabývají. Např. často udávané srovnání se zelinářem, neodpovídá realitě. Zatímco zelinář prodává vše a jeho rizikem je pouze to, že má plesnivé zboží, nebo není dobrý obchodník, lékárník je závislý na tom, zda a jak dlouho bude konkrétní léčivý přípravek lékař předepisovat. Jelikož bez lékařského předpisu nelze v ČR valnou většinu léčivých přípravků prodat a není možné odhadnout, jaké přípravky od které firmy budou lékařem preferovány a zda se změní při nové úhradě léčiv jejich doplatek (ten zpravidla zapříčiní jeho "nevydatelnost"), je tu zcela zásadní rozdíl. Lékárník, i kdyby chtěl, není schopen z větší části (nevylučuje se doplňkový sortiment, který ovšem není tím hlavním artiklem v lékárně) výdej/prodej léčiv ovlivnit. A tak rozhodnutím třetí osoby vznikají lékárně, i přes sebevětší snahu, jí neovlivnitelné ztráty.

Není tomu tak. Vzhledem k české cenotvorbě a také k tomu, že v ČR dosud není striktně (narozdíl od prakticky celé Evropy) oddělena výše přirážky pro distribuci a lékárnu, rozhodně není obchodní přirážka české lékárny jedna z nejvyšších. V Belgii má lékárna 30%, v Dánsku 29.3%, ve Finsku 28.8%, ve Francii 27.6%, v Itálii 22.4%, v Lucembursku 31.8%, v Portugalsku 20%, v Rakousku 28.9%, v Řecku 25.9%, v Německu 31.7%, ve Španělsku 27.9%, ve Švédsku 20%, v Polsku 33.6%, na Slovensku 21%, v Maďarsku 25.9%, v Litvě 28.4%, v Lotyšsku 21.1%, v Estonsku 12.8% a v Bulharsku 25.8%.